Ceritanya mengikuti Tohno Shiki, seorang remaja laki-laki yang, setelah kecelakaan hampir fatal di masa kecilnya, mendapatkan kekuatan misterius untuk melihat garis-garis yang menutupi segala sesuatu di sekitarnya. Ketika dia memotong sepanjang garis ini, apa pun itu segera hancur dengan potongan bersih; dengan kata lain, membunuhnya. Dia akan segera menjadi gila karena hidup di dunia yang bisa hancur begitu mudah, seandainya bukan karena seorang penyihir yang mengaku dirinya pengembara yang memberinya kacamata yang menghalangi persepsi tidak wajarnya saat dipakai. Segera setelah itu, dia dilepaskan dari keluarganya dan dikirim untuk tinggal bersama beberapa kerabat. Selama delapan tahun dia menjalani kehidupan normal, menyembunyikan mata istimewanya, sampai suatu hari dia menerima surat yang mengundangnya untuk kembali ke rumah. Shiki tiba-tiba terjebak dalam rangkaian peristiwa aneh dan mengancam nyawa, yang entah bagaimana terkait dengan kecelakaan masa kecilnya dan masa lalu yang terlupakan …